Правомерно ли требование ИФНС по уплате налога и по ставкам Лен области?

Правомерно или нет можно сказать, если только с Вам сходить сначала в ГИБДД, а потом в налоговый орган или Вы сами предварительно туда сходите и проясните ситуацию. Налоговый орган просто получает данные из ГИБДД и начисляет налог. За три года имеют право, но не более.

А как так получилось у Вас отчасти понятно из вопроса.

1. По доверенности ничего продать нельзя. Машина зарегистрирована на Вас. Это всем давно известно. Таким образом, лицо получившее доверенность, не снимало машину с учета и ничего не утилизировало. Но это предположение. Нужен визит в ГИБДД.

2. По каким дорогам ездила машина значения не имеет, так как налог уплачивает её владелец по месту регистрации транспортного средства, то есть я живу в Москве и машина тут же зарегистрирована, но сейчас езжу на ней уже год в Подмосковье. Налог плачу в Москве.

С учетом изложенного, пока усматривается то, что налог то надо платить, но Вам надо самому в этом разобраться в уполномоченных органах. Но помня о том, что Вы ничего не продали по доверенности и по закону собственник Вы и никто иной.