П что в этой ситуации можно сделать может как нибудь через суд?

Здравствуйте. Родное гнездо Вы не потеряете. Вашему дяде суд вернул документы, скорее всего, из за того, что он является наследником, который фактически принял наследство в рамках ч. 2 ст. 1153 ГК РФ. Так как он был зарегистрирован в данном доме, проживал в нем, оплачивал платежи за него. Для подтверждения данного фактического принятия наследства, нотариусу необходимо предоставить доказательства указанных обстоятельств. В связи с чем срок давности открытия наследственного дела у нотариуса Вашему дяди не применялся.На основании ст. 1156 ГК РФ если наследник, призванный к наследованию по завещанию или по закону, умер после открытия наследства, не успев его принять в установленный срок, право на принятие причитавшегося ему наследства переходит к его наследникам по закону, а если все наследственное имущество было завещано — к его наследникам по завещанию. Данные нормы права гарантируют Вам сохранность Вашего родового гнезда. 

Согласно ст. 16 «Основы законодательства Российской Федерации о нотариате» Нотариус обязан оказывать физическим и юридическим лицам содействие в осуществлении их прав и защите законных интересов… На основании п. 3 ст. 1171 ГК РФ в целях выявления состава наследства и его охраны банки, другие кредитные организации и иные юридические лица обязаны по запросу нотариуса сообщать ему об имеющихся у этих лиц сведениях об имуществе, принадлежавшем наследодателю. Полученные сведения нотариус может сообщать только исполнителю завещания и наследникам. Следовательно, если вы нотариусу сообщили информацию о жилом доме и об отсутствии на него каких либо документов на него, нотариус обязан осуществить все необходимые запросы для установления состава наследства. Ст. 69 ФЗ «О государственной регистрации недвижимости» от 13.07.2015 N 218-ФЗ (последняя редакция) нотариусу в помощь. Но а Вы так же можете обратится в орган местного самоуправления для самостоятельного розыска документов, подтверждающих право на дом.