Здравствуйте, Кирилл!
Согласно ст. 220 Налогового кодекса РФ:
1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:
1) имущественный налоговый вычет при продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном капитале общества, при выходе из состава участников общества, при получении денежных средств, иного имущества (имущественных прав) акционером (участником, пайщиком) организации в случае ее ликвидации, при уменьшении номинальной стоимости доли в уставном капитале общества, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством);
…
2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:
1) имущественный налоговый вычет предоставляется:
в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;
Поскольку в Вашем случае объект продавался по одному договору купли-продажи, то и вычет распределился между продавцами, а с оставшейся суммы налоговым органом был исчислен налог.
Если ли бы объект продавался долями каждым из собственников по отдельному договору купли-продажи своей доли, то каждый из собственников смог бы воспользоваться налоговым вычетом в полном объеме.
