Экспертиза недостатков

Здравствуйте, Евгений. 

Если речь идет о судебном процессе в суде общей юрисдикции, то 

В соответствии со ст. 96 Гражданского процессуального кодекса РФ  в случае, если вызов свидетелей, назначение экспертов, привлечение специалистов и другие действия, подлежащие оплате, осуществляются по инициативе суда, соответствующие расходы возмещаются за счет средств федерального бюджета.

В соответствии со ст. 98 Гражданского процессуального кодекса РФ  стороне, в пользу которой состоялось решение суда, суд присуждает возместить с другой стороны все понесенные по делу судебные расходы, за исключением случаев, предусмотренных частью второй статьи 96 настоящего Кодекса. В случае, если иск удовлетворен частично, указанные в настоящей статье судебные расходы присуждаются истцу пропорционально размеру удовлетворенных судом исковых требований, а ответчику пропорционально той части исковых требований, в которой истцу отказано.

 Таким образом, в соответствии с законом не имеет значение сколько вопросов эксперт разрешил, совпадающих с позицией истца.
Если суд назначил экспертизу по своей инициативе, то расходы на федеральном бюджете.
Если экспертиза назначена по ходатайству стороны, то расходы по экспертизе несет сторона по правилам ст. 98 ГПК РФ.

 
Надеюсь мой ответ будет вам полезен.