Добрый день! Не соглашусь с предыдущем мнением. Квартира, пусть и в отношении которой зарегистрирована ипотека, принадлежит на праве собственности продавцу. Банк же является залогодержателем — это означает что сделки с ипотечной квартирой должны совершаться с его согласия. Но получение согласия — это проблема самого продавца, но не Ваша. И то такое согласие потребуется, если сам договор купли-продажи будет заключаться при наличии обременения.
Что касается связи самой ипотеки и задатка, то юридической связи между ними вообще никакой нет. Ипотека прекращается тогда, когда продавец погасит весь кредит перед банком. Задаток же — это некий гарант намерения купить вещь, т.е. что покупатель не передумает покупать, в Вашем случае, квартиру. Возможно в Вашем случае, продавец что из суммы задатка погасит кредит перед банком и в связи с этим будет снята ипотека. Поэтому и просит задаток.
Теперь, по-поводу безопасности сделки, само по себе предложение внести задаток — явление очень распространенное. Если же Вы намерены приобрести квартиру «чистую» без обременения, при этом чтобы будущая сделка была безопасной, Вам необходимо задаток внести на основании ТОЛЬКО письменного соглашения, подписанного двумя сторонами (покупатель и продавец, НЕ риэлтор), где прямо указать, что денежная сумма является задатком, или заключить предварительный договор купли-продажи с условие о задатке, которым стороны могут установить условие для заключения основного ДКП квартиры — квартира в момент продажи должна быть без обременения, а внесенный задаток по предварительному договору будет засчитан в счет покупной суммы.
Также отмечу, у что задатка есть свои особенности. В силу ст. 380 ГК РФ если за неисполнение договора ответственна сторона, давшая задаток, он остается у другой стороны. Если за неисполнение договора ответственна сторона, получившая задаток, она обязана уплатить другой стороне двойную сумму задатка.