На автомобиль службой сп наложен запрет регистрационных действий, в ГАИ учёт приостановлен, правомерно ли начисление транспортного налога в таком случае?

Здравствуйте, Софья!

1. Последствиями запрета  является невозможность  проведения регистрационных действий, а не его прекращение, снятие или внесение изменений. То есть автомобиль продолжает числиться  за  автовладельцем, пока не будет снят запрет ФССП и не будет осуществлено, например, внесение  изменений изменений в регистрационные данные автомобиля в связи с его продажей.

2. В соответствии со ст.357 НК РФ налогоплательщиками транспортного налога  признаются лица,на которых в соответствии с законодательством Российской Федерации зарегистрированы транспортные средства.

Таким образом, 

правомерно ли начисление транспортного налога в таком случае?

Да, правомерно.

Предоставить более подробные разъяснения по Вашему вопрос возможно  в рамках индивидуальной консультации в чате (кнопка «общаться в чате» рядом с фото юриста), там же возможны услуги по составлению документов (при необходимости). Индивидуальные консультации и услуги по составлению документов оказываются на платной основе, стоимость по договоренности. 

Обращайтесь, буду рад помочь!

С уважением