142 ТК РФ, то будет ли протекать 14 дневный срок?

Да, конечно. В соответствии со ст. 80 ТК РФ, Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели, если иной срок не установлен настоящим Кодексом или иным федеральным законом. Течение указанного срока начинается на следующий день после получения работодателем заявления работника об увольнении. 2 недели — не срок отработки, а срок, за который Вы обязаны предупредить работодателя о своём увольнении. Всё остальное на эти сроки не влияет.