И почему вообще они стали снимать после погашения?

Здравствуйте, чтобы корректно ответить на данный вопрос, необходимо изучить именно ваши документы. По общему правилу, если деньги снимают на основании судебного приказа, то после его отмены исполнительное производство должно быть прекращено. Если было вынесено решение суда, то надо разбираться когда, какое именно (заочное или нет) и как вас извещали. В том случае, если вам удастся отменить документ на основании которого происходит взыскание, вы имеете право на поворот исполнения решения (т.е. на возврат денежных средств).

В данном случае взыскатель (т.е. банк) должен был сообщить судебным приставам о получении денежных средств от вас, для того, чтобы они отозвали постановление об удержаниях с вашей работы.
Постановление о прекращении исполнительного производства судебный пристав вынесет только в случае полного исполнения вами требований исполнительного листа.
Если долг полностью вами погашен напрямую банку, судебный пристав проверит указанную информацию и отзовет исполнительный лист с вашей работы, до этого момента ваш работодатель будет обязан удерживать денежные средства из вашей заработной платы.
В случае прекращения исполнительного производства, излишне удержанные денежные средства будут возвращены вам судебным приставом или взыскателем.
Дождитесь ответа судебного пристава, в случае нарушения ваших прав, вы праве обжаловать его действия.