Имеет ли право работодатель штрафовать беременного сотрудника, если сотрудник не выполнил свои обязанности вовремя?

Екатерина, здравствуйте. Трудовым кодексом какие-либо штрафы не предусмотрены. Возможно, условиями Вашего трудового договора предусмотрено, что Ваша заработная плата состоит из фиксированной части и премии. 

В соответствии со статьёй 191 ТК РФ работодатель поощряет работников, добросовестно исполняющих трудовые обязанности (объявляет благодарность, выдает премию, награждает ценным подарком, почетной грамотой, представляет к званию лучшего по профессии). 

Таким образом, выплата премии производится на усмотрение работодателя.