Департамент городского имущества г.Москвы по реновации выдает 3х комнатную квартиру двум не родственникам. Что можно сделать?

Ничего сделать нельзя. При реновации жилищные условия не улучшают. Лишь компенсируют то что забирают, такой же квартирой. 

Федеральный закон от 01 июля 2017 г. N 141-ФЗ «О внесении изменений в Закон Российской Федерации „О статусе столицы Российской Федерации“ 

   21. В случае, если жилое помещение  находится  в  общей  собственности, договор, предусматривающий переход права собственности  на  такое жилое помещение, заключается со всеми собственниками  жилого  помещения и предусматривает  возникновение права общей собственности на предоставляемое жилое помещение в долях, соответствующих долям  в   праве собственности на жилое помещение в многоквартирном доме, включенном в программу реновации