Да, нужно. Исключение составляет покупка продукции для личного потребления.
ФГИС Меркурий нужен тем, кто является собственником подконтрольного Россельхознадзору товара. Это производители, оптовые торговцы, дилеры, магазины, а также любые заведения общепита. Только тем организациям и ИП, кто осуществляет хранение сельскохозяйственной продукции, ФГИС не нужна.
Подробнее см Приказ Минсельхоза РФ от 18.12.2015 № 648. Вся продукция, при производстве и перемещении которой нужно работать с ВСД, перечислена в приложении к нему. Поиск осуществляется по наименованию товара или по коду ТН ВЭД (товарная номенклатур внешнеэкономической деятельности).
Ветеринарные правила организации работы по ВСД, которые идут приложением к приказу Минсельхоза РФ от 27.12.2016 № 589. В них описаны все случаи, когда применять «Меркурий» не нужно.