Так как товар не был вовремя снят с прилавка в сетевом магазине?

Добрый день, Екатерина! Действия работодателя незаконны.Пишите жалобу в трудовую инспекцию. п. 5 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 16.11.2006 N 52 5. Работник не может быть привлечен к материальной ответственности, если ущерб возник вследствие непреодолимой силы, нормального хозяйственного риска, крайней необходимости или необходимой обороны либо неисполнения работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества, вверенного работнику (статья 239 ТК РФ).

Добрый день, Екатерина.

может ли работодатель заставить выкупать товар с истекшим сроком годности?

Да, если выкуп товара с просроченным сроком годности входит в Ваши должностные обязанности. Вот только мне кажется, что нет этого в Ваших обязанностях. 

Если это вид наказания, то допустимы только три вида дисциплинарного взыскания.

ТК РФ Статья 192. Дисциплинарные взыскания

За совершение дисциплинарного проступка, то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение работником по его вине возложенных на него трудовых обязанностей, работодатель имеет право применить следующие дисциплинарные взыскания:
1) замечание;
2) выговор;
3) увольнение по соответствующим основаниям.