Метр на жену.Квартира 3х комнатная.Может ли собственник, владеющий 2/3 квартиры выселить мою жену через суд, потому что она владеет незначительной частью, хотя я позволяю ей проживать со мной?

Он вправе поставить через суд вопрос о признании ее доли не значительной и  постараться долю выкупить. Ст. 252 ГК РФ. И далее ставить вопрос о ее выселении

4. Несоразмерность имущества, выделяемого в натуре участнику долевой собственности на основании настоящей статьи, его доле в праве собственности устраняется выплатой соответствующей денежной суммы или иной компенсацией.
Выплата участнику долевой собственности остальными собственниками компенсации вместо выдела его доли в натуре допускается с его согласия. В случаях, когда доля собственника незначительна, не может быть реально выделена и он не имеет существенного интереса в использовании общего имущества, суд может и при отсутствии согласия этого собственника обязать остальных участников долевой собственности выплатить ему компенсацию.

Не может. В данеом случае целесообразно заключить соглашение о порядке пользования квартирой, в котором определить, кто какой жилой комнатой пользуется. Его можно заключить доброврльно, либо в судебном порядке