Пойдет ли переплаченная сумма в счет следующих месяцев?

Здравствуйте. 

В счет следующих месяцев «зачесть» уплаченные Вами суммы не получится. 

Однако в соответствии со статьей 114 Семейного кодекса  

Суд вправе по иску лица, обязанного уплачивать алименты, освободить его полностью или частично от уплаты задолженности по алиментам и (или) задолженности по уплате неустойки за несвоевременную уплату алиментов, если установит, что неуплата алиментов и (или) неустойки за несвоевременную уплату алиментов имела место в связи с болезнью этого лица или по другим уважительным причинам и его материальное и семейное положение не дает возможности погасить образовавшуюся задолженность по алиментам и (или) задолженность по уплате неустойки за несвоевременную уплату алиментов.

То есть Вам нужно обратиться в суд с иском о временном приостановлении выплаты. Суд при этом учтет тот факт, что Вы выплачивали бОльшую, чем нужно, сумму.

Удачи.