Вопрос: было подано две заявки, одна от физ лица и вторая от ООО

Анатолий, добрый день! Если  речь идет о 44-ФЗ, то прямого запрета на участие данный Закон не содержит. 

В соответствии с пп.4 п.1 ст. 3 вышеуказанного Закона, участник закупки — любое юридическое лицо независимо от его организационно-правовой формы, формы собственности, места нахождения и места происхождения капитала, за исключением юридического лица, местом регистрации которого является государство или территория, включенные в утверждаемый в соответствии с подпунктом 1 пункта 3 статьи 284 Налогового кодекса Российской Федерации перечень государств и территорий, предоставляющих льготный налоговый режим налогообложения и (или) не предусматривающих раскрытия и предоставления информации при проведении финансовых операций (офшорные зоны) в отношении юридических лиц (далее — офшорная компания), или любое физическое лицо, в том числе зарегистрированное в качестве индивидуального предпринимателя. 

Однако, заинтересованное лицо может обратиться в УФАС с жалобой о нарушении уже 135-ФЗ «О защите конкуренции». УФАС может признать наличие согласованных действий участников закупки и, соответственно, нарушение, к примеру, ст.11.1 Закона «О защите конкуренции».  Штрафы за нарушение законодательства в сфере защиты конкуренции достаточно велики.

Таким образом, подавать две заявки от аффилированных лиц, на мой взгляд, достаточно опасно. 

Если торги проводятся не по 44-ФЗ, то для ответа необходимо проанализировать Положение о закупках заказчика и документацию. Но  ответственность в сфере защиты конкуренции также не исключено.