Роман, добрый день.
До окончания срока контракта и произведения с Вами расчетом по денежному довольствию и вещевому обеспечению — исключить Вас из списков части не могут.
Так по смыслу ст. 34 Положения о порядке прохождения военной службы
16. Военнослужащий, уволенный с военной службы, на день исключения из списков личного состава воинской части должен быть полностью обеспечен установленным денежным довольствием, продовольственным и вещевым обеспечением. До проведения с военнослужащим всех необходимых расчетов он из списков личного состава воинской части без его согласия не исключается.
24. Военнослужащий, уволенный с военной службы, должен быть исключен из списков личного состава воинской части в день истечения срока его военной службы (уволенный досрочно — не позднее дня истечения срока его военной службы) и не позднее чем через месяц со дня поступления в воинскую часть выписки из приказа об увольнении военнослужащего с военной службы, за исключением случаев, предусмотренных пунктом 11 статьи 38 Федерального закона и настоящим Положением.
Днем истечения военной службы является дата окончания контракта, поэтому исключить из списков части ранее этой даты Вас не могут (если Вы увольняетесь именно в связи с его окончанием).
Принятое решение является незаконным, что в равной мере дает Вам право подать жалобу в прокуратуру для проведения проверки, законности принятого приказа.
А также Вы можете обратиться с иском в суд, оспаривая данный приказ.
Тем более, что пока вы находитесь на стационарном лечении, вас не могут исключить из списка части