Что мне делать в такой ситуации?

В соответствии с Положение о порядке прохождения военной службы, статья 11:

10. При назначении на воинские должности соблюдаются следующие условия:

е) военнослужащий, признанный военно-врачебной комиссией по состоянию здоровья годным к военной службе или годным к военной службе с незначительными ограничениями, но негодным к военной службе по избранной военно-учетной специальности, назначается с его согласия (за исключением военнослужащих, проходящих военную службу по призыву) на другую воинскую должность, обязанности по которой он может исполнять с учетом состояния здоровья, или увольняется с военной службы;

и статья 34

4. Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, может быть досрочно уволен с военной службы:

а) в связи с организационно-штатными мероприятиями (подпункт «а» пункта 2 статьи 51 Федерального закона) и при отсутствии других оснований для увольнения:

при признании его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе по имеющейся военно-учетной специальности (не отвечающим специальным требованиям), но годным к военной службе или годным к военной службе с незначительными ограничениями при отсутствии его согласия с назначением на другую воинскую должность (должность);

Соответственно, если Вы согласия с назначением на воинскую должность не изъявляли, у Вас возникает право на увольнение.