Все камеральные проверки закрыты, также неоднократно были акты сверок с налоговой, а подав декларацию за 2019

Здравствуйте, Антон!

вопрос как такое может быть что на протяжении стольких лет принимали, проверяли и касса зарегистрирована в налоговой как усн доход-расход,

Антон

что сказать, такое бывает довольно часто, например когда ФНС говорит, что налогоплательщик на ОСНО, а не УСН.

встречается судпрактика по ситуации похожей с Вашей, например Постановление Арбитражного суда Северо-Западного округа от 20.11.2017 N Ф07-12445/2017 по делу N А52-3830/2016, когда налогоплательщик УСН в уведомлении о переходе на этот режим ошибся с указанием объекта налогообложения и вместо «доходы-расходы» указал «доходы», при этом с самого начала деятельности отчитывался по УСН «доходы-расходы».

в результате налогоплательщик выиграл суд, когда ФНС попробовала доначислить и взыскать налоги исходя из УСН «доходы».

приведу выдержки и данного суд. акта

Кассационная инстанция считает, что удовлетворяя требования Общества, суды правомерно указали следующее.
Заявление о переходе на УСН носит уведомительный характер и фактически констатирует волю и возможность налогоплательщика на применение специального налогового режима при соблюдении им определенных условий.
Применение УСН является правом налогоплательщика, которое не зависит от решения налогового органа и не связано с ним.
Положения главы 26.2 НК РФ не предусматривают принятие налоговым органом каких-либо решений по указанному заявлению, не оговаривают последствий пропуска срока на подачу такого заявления, либо, как в рассматриваемой ситуации, при наличии ошибки в заявлении.
Налоговая декларация, представляемая в налоговый орган, в силу статьи 80 НК РФ, представляет собой письменное заявление или заявление налогоплательщика об объектах налогообложения, о полученных доходах и произведенных расходах, об источниках доходов, о налоговой базе, налоговых льготах, об исчисленной сумме налога и (или) о других данных, служащих основанием для исчисления и уплаты налога.
Представлять в установленном порядке в налоговый орган по месту учета налоговые декларации (расчеты), если такая обязанность предусмотрена законодательством о налогах и сборах, является непосредственной обязанностью налогоплательщика (подпункт 4 пункта 1 статьи 23 НК РФ).
Следовательно, источником об объекте налогообложения, прежде всего, является налоговая декларация налогоплательщика. Суды правомерно отклонили довод Инспекции о том, что предоставление налоговой декларации с другим объектом налогообложения по существу означает изменение выбранного объекта налогообложения.
Как обоснованно указали суды, определяющим фактором для выяснения вопроса о правомерности применения или отказа в применении УСН является фактическое ведение хозяйственной деятельности в соответствии с выбранным режимом налогообложения с начала налогового периода, а подача заявления в Инспекцию носит уведомительный характер.В материалах дела отсутствуют и Инспекцией не представлены доказательства того, что с момента подачи заявления о применении УСН Обществом первоначально была представлена налоговая декларация с объектом налогообложения «доходы».
Напротив, анализ имеющихся в деле документов показал, что с момента предоставления Обществом в Инспекцию первичной налоговой декларации по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН за 2015 год, налоговому органу фактически было известно о выбранном и заявленном в декларации объекте налогообложения «доходы минус расходы».
Общество, заявляя о первоначальном выборе при создании юридического лица УСН, допустило ошибку при заполнении заявления (регистрации).
Вместе с тем судами установлено, что Общество подтвердило свою волю на избранный объект налогообложения «доходы уменьшенные на величину расходов» в течение всего проверяемого периода.
Указанное следует из анализа книги учета доходов и расходов Общества за рассматриваемый налоговый период, в которой фактически отражены, как полученные доходы, так и все произведенные расходы, что позволяет сделать вывод о применении налогоплательщиком объекта налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов».
Судами также приняты во внимание представленные Обществом в материалы дела копии платежных поручений о перечислении Обществом авансовых платежей по налогу по УСН за 2015 год, из которых следует, что авансовые платежи уплачивались на код доходов бюджетной классификации 182 1 05 01021 01 1000 110, который в соответствии с приказом Министерства Финансов Российской Федерации от 01.07.3013 N 65н применяется по налогу, взимаемому с налогоплательщиков УСН, выбравших в качестве объекта налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов».
Кроме того, судом по ходатайству Общества из операционного офиса «Псковский» филиала «Санкт-Петербургский» АО «АЛЬФА-БАНК» получена анкета клиента (заявителя), заполненная Обществом 25.02.2015, в разделе 5.8 «система налогообложения» которой указано на применение УСН по налоговой ставке 15%, что соответствует объекту налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов».
Доводов, опровергающих указанные обстоятельства, а именно фактическое ведение Обществом деятельности с применением объекта «доходы минус расходы», Инспекция в порядке статей 65, 200 АПК РФ суду не представила.
Как правомерно указал суд апелляционной инстанции, в рассматриваемом случае до подачи в налоговый орган заявления о применении УСН, а также налоговой декларации, Общество не применяло иной объект (режим) налогообложения и не совершало действий по изменению объекта налогообложения, афактически с момента создания выбрало наиболее подходящий налоговый режим в его деятельности, предполагающей долю расходов.

в целом, Вам думаю стоит сослаться на то, что раз ранее ФНС фактически признана обоснованность применения Вами УСН «доходы-расходы», то Вы имеете право его применять и дальше, однако, в каждом конкретном случае всё индивидуально, конечно, и зависит от конкретных обстоятельств.