Какие могут быть последствия и, что вообще могут сделать?

Александр!

Надо понимать, что просить отпуск за свой счёт работник не обязан — это его право. А работодатель обязан оплачивать труд работника в соответствии с условиями трудового договора и реальным исполонением обязанностей работником. Просто так отказать в учёте отработанного времени никто не имеет права. При необходимости следует обращаться в трудовую инспекцию, прокуратуру либо суд. Заявление в суд подаётся по общим правилам статьи 131 ГПК РФ.

Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.
Всего доброго!

Здравствуйте!

сказал написать заявление за свой счёт, хотя вахта по графику, я отказался писать , 

Заявление на предоставление отпуска без сохранения заработной платы пишется по инициативе самого работника, а не по требованию работодателя.

ТК РФ Статья 128. Отпуск без сохранения заработной платы

http://www.consultant.ru/docum...

он сказал, что не проставит часы по графику. 

Если Вы работали, то Ваше рабочее время должно быть засчитано и проставлено в табеле учета рабочего времени. Советую фиксировать «угрозы» со стороны работодателя. Сохраняйте переписку, если она есть, либо можете ее начать. Также постарайтесь фиксировать Ваше нахождение на рабочем месте. Обязательно отмечайтесь в Журнале учета рабочего времени, если он ведется.

Какие могут быть последствия и, что вообще могут сделать ?

Если у Вашего работодателя нет работы, то он должен оформить простой, который оплачивается в соответствии ТК РФ.

ТК РФ Статья 157. Оплата времени простоя

http://www.consultant.ru/docum...