С какого срока считать по закону, я начал ими владеть?

Добрый день. 

Если смотреть по аналогии с правом собственности на недвижимость, а именно сроком собственности для исчисления НДФЛ при наследовании, то расчетной датой начала собственности считается дата смерти наследодателя. 

Такие разъяснения дает Минфин в письме № 03-04-05/50192 от 08.07.2019.

… В этой связи если со дня смерти наследодателя до момента государственной регистрации перехода права собственности на объект недвижимого имущества от наследника к другому лицу прошло более трех лет, то в отношении доходов от продажи такого имущества, полученного в собственность в порядке наследования, налогоплательщик вправе претендовать на освобождение от обложения налогом на доходы физических лиц....

Тот же самый вывод относительно любого имущества (соответственно и акций в т.ч.) следует из 

Письма Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 15 июля 2016 г. N 03-04-05/41483 О налогообложении НДФЛ доходов, полученных от продажи унаследованного имущества

… Статьями 1114 и 1152 Гражданского кодекса Российской Федерации установлено, что принятое наследство признается принадлежащим наследнику со дня открытия наследства, которым является день смерти гражданина, независимо от времени его фактического принятия, а также момента государственной регистрации права наследника на наследованное имущество, когда такое право подлежит государственной регистрации.

Таким образом, у наследника, вступившего в права наследства, право собственности на наследованное имущество возникает со дня смерти наследодателя независимо от даты государственной регистрации этих прав.    

Соответственно, НДФЛ начислили неправомерно. Можете оспорить.