Добрый день!
Если автомобиль в угоне, то у Вас должен быть постановление сотрудников полиции об угоне автомобиля с розыском автомобиля, это документ является основанием для освобождения Вас от уплаты транспортного налога. О чем Вы вправе заявитель в налоговую, представив указанный документ.
Согласно подпункту 7 пункта 2 статьи 358 Налогового кодекса не являются объектом налогообложения по транспортному налогу транспортные средства, находящиеся в розыске, а также транспортные средства, розыск которых прекращен, с месяца начала розыска соответствующего транспортного средства до месяца его возврата лицу, на которое оно зарегистрировано. Факты угона (кражи), возврата транспортного средства подтверждаются документом, выдаваемым уполномоченным органом, или сведениями, полученными налоговыми органами в соответствии со статьей 85 Кодекса.
В частности, к таким документам могут относиться представленные в налоговый орган справка (справочная информация) об угоне (краже) автомототранспортного средства, которая выдается правоохранительными органами, осуществляющими работу по расследованию и раскрытию угонов (краж), иные документированные сведения, полученные от указанных органов.
При отсутствии вышеуказанной справки документом, подтверждающим факт угона (кражи), могут рассматриваться справка или постановление о возбуждении уголовного дела, содержащие соответствующую информацию.
Поэтому непонятно почему Вас начисляют транспортный налог, в том числе учитывая обмен данными между налоговой и полицией (гибдд) об угонах.