После учёбы я буду обязан отслужить 3 года по контракту, но у меня есть желание параллельно службе получить второе высшее в сфере программирования

Добрый вечер! В Вашем случае при поступлении и обучении льгот со стороны Вооруженных Сил Российской Федерации Вам предоставлено не будет. Поступление в учебное учреждение высшего образования и обучение в нём будет производиться за Ваш счет и на сдачу сессий Вы будете использовать свой основной отпуск или свободное от службы время (выходные дни и т.д.). Также следует учесть, что Вы будете обучаться (изучать учебный материал) во время прохождения Вами военной службы по контракту. С уважением!