Сергей, добрый день.
Можете уточнить Вы работаете по трудовому договору или проходите военную (иную) службу?
В связи с чем был прекращен допуск к государственной тайне?
В том случае, если у Вас был прекращен допуск — то предполагается и снятие надбавки.
В силу ст. 21 Закона РФ от 21.07.1993 N 5485-1 «О государственной тайне»
Для должностных лиц и граждан, допущенных к государственной тайне на постоянной основе, устанавливаются следующие социальные гарантии:
процентные надбавки к заработной плате в зависимости от степени секретности сведений, к которым они имеют доступ;
Таким образом, выплата надбавки напрямую связана у Вас с наличием допуска к государственной тайне и этот момент у Вас должен быть отражен в трудовом договоре или дополнительном соглашении к нему.
Соответственно изменение степени секретности или ее снятие влечет за собой изменение размера надбавки или прекращение ее выплаты.
В этой ситуации нужно понимать лишь причины по которым был прекращен допуск.
Свой негатив можете держать при себе. О прекращении допуска Вас заранее никто НЕ обязан предупреждать.
Вас лишь уведомляют о том, что допуск в отношении Вас прекращен. Изменения в трудовой договор в этом случае не вносятся.
Допуск Вам мог быть прекращен на том основании, что Ваша должность больше не включается в номенклатуру должностей по которой предполагается оформление допуска к государственной тайне.
В силу постановления Правительства РФ от 06.02.2010 N 63 «Об утверждении Инструкции о порядке допуска должностных лиц и граждан Российской Федерации к государственной тайне»
Ничего о предварительном предупреждении секретоносителя в данном случае в названном документе не сказано. Делать это руководитель не обязан, поскольку изменение номенклатуры должностей не предполагает ля Вас изменение условий труда — в этой части Ваши права никак нарушены не были.
Вы же если не согласны с принятым решением имеете право обжаловать его в судебном порядке.