Что бы оформить брак в загсе она должна быть беременна

Здравствуйте, действительно, согласно ст. 13 СК РФ

при наличии уважительных причин органы местного самоуправления по месту жительства лиц, желающих вступить в брак, вправе по просьбе данных лиц разрешить вступить в брак лицам, достигшим возраста шестнадцати лет.

Такой уважительной причиной, в том числе, может быть и беременность. Если под проблемами Вы имеете в виду вступление в половую связь с несовершеннолетним лицом, то ответственность наступает по правилам ст. 134 УК РФ  только

за половое сношение с лицом, не достигшим шестнадцатилетнего возраста, совершенное лицом, достигшим восемнадцатилетнего возраста.

Здравствуйте!

Согласно п.2 ст.13 СК РФ:

При наличии уважительных причин органы местного самоуправления по месту жительства лиц, желающих вступить в брак, вправе по просьбе данных лиц разрешить вступить в брак лицам, достигшим возраста шестнадцати лет

Так что беременность вполне является уважительной причиной. У вас ни каких проблем не должно быть.

Что касается поведения отца, нельзя такое игнорировать.

Согласно п.2 ст.56 СК РФ:

Ребенок имеет право на защиту от злоупотреблений со стороны родителей (лиц, их заменяющих).
При нарушении прав и законных интересов ребенка, в том числе при невыполнении или при ненадлежащем выполнении родителями (одним из них) обязанностей по воспитанию, образованию ребенка либо при злоупотреблении родительскими правами, ребенок вправе самостоятельно обращаться за их защитой в орган опеки и попечительства, а по достижении возраста четырнадцати лет в суд.

Так что не надо ждать беременности, а пусть действует уже сейчас по факту. Если будет какое либо деяние со стороны отца, она может обратиться в орган опеки, если преступление то в полицию.