Здравствуйте!
Согласно п.1 ст.53 ГК РФ:
Юридическое лицо приобретает гражданские права и принимает на себя гражданские обязанности через свои органы, действующие в соответствии с законом, иными правовыми актами и учредительным документом.
Порядок образования и компетенция органов юридического лица определяются законом и учредительным документом.
Учредительным документом может быть предусмотрено, что полномочия выступать от имени юридического лица предоставлены нескольким лицам, действующим совместно или независимо друг от друга. Сведения об этом подлежат включению в единый государственный реестр юридических лиц.
Вам следует проверить полномочия лица, подписывающего с вами документ, если это не директор. Либо в учредительном документе указано что он имеет право действовать от имени юр.лица, например заместитель директора и др. или должна быть доверенность на заключение сделок подписанное директором.
А вообще, в этой ситуации возможно все легко объяснимо. Думаю, бланки договоров были заранее подписаны директором, а так как с того времени изменилась их ценовая политика и директора нет на месте, то подписывают допник к договору.
Если вас устраивает сумма агентских отчислений, то ничего страшного нет. В дополнительном соглашении должно быть указано, что это соглашение к основному договору