Как грамотно аргументировать отказ, на что ссылаться

Здравствуйте, Дмитрий! 

В данном случае Вы сделали все правильно, это командир части не инициировал разбирательство, как на это указано в приказ МО РФ от 3 июня 2014 г. N 333:

203. Прием (сдача) дел и должности должностными лицами, отвечающими за хозяйственную деятельность, оформляется актом приема (сдачи) дел и должности (приложение N 11 к настоящему Руководству). К акту приема (сдачи) дел и должности прилагаются материалы инвентаризации, а также объяснения (в случае необходимости) должностных лиц о причинах образования недостач, излишков, обоснования естественной убыли. В случаях, когда сдающий или принимающий дела и должность имеет по акту приема (сдачи) дел и должности возражения или замечания, он излагает их в письменном виде в качестве приложения к акту приема (сдачи) дел и должности при его оформлении. Старший командир при утверждении акта приема (сдачи) дел и должности должен рассмотреть имеющиеся возражения и замечания, принять по ним решение, о чем сделать соответствующую запись в каждом экземпляре акта приема (сдачи) дел и должности.

В данном случае прием и передача осуществляется лично, как указано в приказе 333

Прием дел и должности от сдающего производится лично принимающим дела и должность в присутствии комиссии.

Соответственно, для этого, теоретически, командиру части необходимо отменить свой старый приказ о приеме (сдаче) дел и должности и издать новый приказ, в которым Вы уже не будете фигурировать.

Понятно, что командир не хочет инициировать проверку и выносить сор из избы, но и Вам тоже нет никакого смысла рисковать, так как все могут повесить на вас.

Это должна быть головная боль командира, не Ваша, Вам стоит указать все замечания в рапорте, а дело командира его рассмотреть по существу и принять решение.

Если будут уточняющие вопросы, задавайте.

С уважением!