Добрый день, у нас с физическом лицом заключен партнерский договор, удерживали с него 13%, должны ли мы как организация еще что то платить за него и отчитываться?

Здравствуйте, Екатерина.

Исходя из  договора интернет-магазин выплачивает вознаграждение партнеру за оказание им услуг. по привлечению клиентов. Помимо обязанностей налогового агента (ст.226 НК РФ) по удержанию и перечислению в бюджет налога на доход физических лиц, у интернет-магазина возникает обязанность по исчислению и уплате в бюджет страховых взносов на обязательное пенсионное и медицинское страхование. Такая обязанность следует из пп.1 п.1 ст.420 НК РФ.  См. также публикацию на https://glavkniga.ru/situation...

Уплата в бюджет страховых взносов производится за счет интернет-магазина.

Такой обязанности нет только в том случае, если партнер является ИП или физ.лицом, зарегистрированным в качестве  применяющего НПД  (на самозанятости).