Можем ли мы сейчас официально уволить (с уведомлением МВД) этого гражданина без штрафных санкций, учитывая тот факт, что его регистрация просрочена и он находится в Киргизии?

Здравствуйте, Олег. 

Да, конечно можете, издаёте приказ о его увольнении и в течение 3 дней уведомляете МВД согласно пункта 8 ст. 13 ФЗ О правовом положении иностранных граждан в РФ. 

Основанием увольнения указываете заявление по собственному желанию от марта 2021 года. 

При этом важно направить уведомление не только не позже, но и не раньше даты прекращения трудового договора. 

Пример судебной практики в подтверждение

http://www.garant.ru/news/1406...

Здравствуйте!

1. В соответствии с частью 8 статьи 13 Федерального закона «О правовом положении иностранных граждан в РФ»:

Работодатель или заказчик работ (услуг), привлекающие и использующие для осуществления трудовой деятельности иностранного гражданина, обязаны уведомлять территориальный орган федерального органа исполнительной власти в сфере внутренних дел в субъекте Российской Федерации, на территории которого данный иностранный гражданин осуществляет трудовую деятельность, о заключении и прекращении (расторжении) с данным иностранным гражданином трудового договора или гражданско-правового договора на выполнение работ (оказание услуг) в срок, не превышающий трех рабочих дней с даты заключения или прекращения (расторжения) соответствующего договора.

2. Таким образом, срок уведомления (три рабочих дня) исчисляется с даты прекращения трудового договора.

3.Исходя из вашей информации, трудовой договор с гражданином Киргизии до настоящего времени не расторгнут.Соответственно- вы можете его уволить по собственному желанию, и в течение 3 рабочих дней после увольнения- уведомите отдел по вопросам миграции ОМВД. Никаких штрафных санкция быть не может. Вы ничего не нарушаете.

4.Замечу, что с 1 января 2021 года введены новые формы уведомлений в соответствии с Приказом МВД России от 30.07.2020 N 536 «Об утверждении формы ходатайства иностранного гражданина (лица без гражданства) о привлечении его в качестве высококвалифицированного специалиста и порядка его заполнения, а также форм и порядков уведомления Министерства внутренних дел Российской Федерации или его территориального органа об осуществлении иностранными гражданами (лицами без гражданства) трудовой деятельности на территории Российской Федерации».-http://www.consultant.ru/docum...