Не получается ли так, что в дальнейшем будем через суд отстаивать квартиру?

Здравствуйте, Юля.

Подскажите имеет ли право нотариус забирать подленник, а не ксерокопию?

вы ведете речь о выписке ЕГРН на умершего? Если да, то нотариус выдаст вам  свидетельство о праве на наследство, которое становится правоустанавливающим документом для наследника. Выписка на умершего вам не нужна.

Не получается ли так, что в дальнейшем будем через суд отстаивать квартиру?

Если что то нотариус оформит с нарушением закона, то сможете обратиться за защитой своих прав в суд. Если же вы переживаете, что из -за того, что нотариус взяла у вас подлинную выписку ЕГРН и поэтому предполагаете, что можете в будущем судиться, то нет, такую выписку вы можете прямо сейчас заказать на сайте росреестра самостоятельно. Если наследодатель имел в собственности недвижимость на момент своей смерти, она зарегистрирована в ЕГРН, то этот факт никак уже не исключить из базы Росреестра. Федеральный закон от 13.07.2015 N 218-ФЗ  «О государственной регистрации недвижимости»  - Статья 62. Порядок предоставления сведений, содержащихся в Едином государственном реестре недвижимости

1. Сведения, содержащиеся в Едином государственном реестре недвижимости,… предоставляются органом регистрации прав по запросам любых лиц .., в том числе посредством ....

Если у  вас остались невыясненными вопросы, либо вы желаете получить по ним разъяснения, или вас интересует иной вопрос,  либо вы намерены заказать составление какого-либо документа,  вы можете обратиться ко мне  в чат за получением ответов на ваши вопросы, либо за составлением документов. Вам нужно перейти на мою страницу  по ссылке https://pravoved.ru/lawyer/191... и нажать «Общаться в чате».  По правилам сайта услуги в чате оказываются как на.платной, так и на бесплатной основе