Лицо - ген директора, нужен ли договор аренды ТС?

Здравствуйте. 

Да, конечно может, это распространенная практика. 

При этом конкретный тип и вид договора, который наиболее актуален для организации, зависит от многих обстоятельств. Если транспортное средство принадлежит руководителю, наиболее целесообразным, при прочих равных, является договор безвозмездного пользования (ссуды). При это обратите внимание, что в соответствии со статьей 690 Гражданского кодекса 

Коммерческая организация не вправе передавать имущество в безвозмездное пользование лицу, являющемуся ее учредителем, участником, руководителем, членом ее органов управления или контроля.

То есть руководитель может передать свое имущество организации, а наоборот — нет. 

Автомобиль при безвозмездной передаче будет безвозмездным поступлением. За стоимость автомобиля можно учитываться как рыночную стоимость, так и оценочную стоимость, установленную оценщиком. 

Удачи.