Уплата НДС при грузоперевозке

Здравствуйте!

 Налоплательщиками НДС являются  организации и  индивидуальные предприниматели, которые и обязаны его уплачивать, как в Вашем случае за оказание услуг.

Насколько я понял  НДС  Вам указали в счет-фактуре. если ошибся уточните вопрос.  

Ввыставлять счета-фактуры обязана любая фирма, реализующая товары, работы или услуги, кроме   организаций, которые применяют спецрежимы. Об этом сказано в пункте 3 статьи 168 НК РФ. 

1) при совершении операций, признаваемых объектом налогообложения в соответствии с настоящей главой (за исключением операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со статьей 149 настоящего Кодекса, если иное не предусмотрено подпунктом 1.1 настоящего пункта). При совершении операций по реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав лицам, не являющимся налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, и налогоплательщикам, освобожденным от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, по письменному согласию сторон сделки счета-фактуры не составляются;
1.1) при совершении операций по реализации товаров, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со статьей 149 настоящего Кодекса, вывезенных за пределы территории Российской Федерации на территорию государства — члена Евразийского экономического союза;
2) в иных случаях, определенных в установленном порядке.

Права ли организация?

Да, права.