Добрый день.
1. Рекомендую Вам незамедлительно подать документы на получение разрешения на строительство (даже если откажут, Вам это поможем при получении права собственности- т.к. получать вы его будете через суд).
2. Права строится без разрешения можно если идет: 1) строительство гаража на земельном участке, предоставленном физическому лицу для целей, не связанных с осуществлением предпринимательской деятельности, или строительства на земельном участке, предоставленном для ведения садоводства, дачного хозяйства; 2) строительства, реконструкции объектов, не являющихся объектами капитального строительства (киосков, навесов и др.); 3) строительства на земельном участке строений и сооружений вспомогательного использования; 4) изменения объектов капитального строительства и (или) их частей, если такие изменения не затрагивают конструктивные и другие характеристики их надежности и безопасности и не превышают предельные параметры разрешенного строительства, реконструкции, установленные градостроительным регламентом.
3. разрешение на строительство можно получать естественно до фактического начала строительства, но закон не запрещает получать его на любой стадии, однако суды рассматривают такой действие, как злоупотребление правом. Кроме того, разрешение Вам выдадут, если все документы будут в порядке.
4. дачная амнистия - упрощенный порядок регистрации прав собственности дачный (садовых) домов и сооружений вспомогательного использования. У вас как я понимаю, капитальный дом, поэтому признание права собственности возможно только в судебном порядке при соблюдении ряда условий. Позиция Пленума Верховного Суда и Пленума ВАС РФ, изложенная в совместном Постановлении от 29.04.2010 "О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав", в соответствии с которой лицо, создавшее самовольную постройку, также должно представить доказательства того, что им предпринимались надлежащие меры к ее легализации, в частности к получению разрешения на строительство и/или акта ввода объекта в эксплуатацию.