И можно ли обжаловать это решение?

Суд отказал нам в удовлетворении жалобы!

Согласно ст. 2.9 КоАП РФ, на которую Вы ссылаетесь в своих жалобах, предусматривает право суда (а не обязанность) освободить лицо, совершившее административное правонарушение, от административной ответственности и ограничится устным замечанием:

При малозначительности совершенного административного правонарушения судья, орган, должностное лицо, уполномоченные решить дело об административном правонарушении, могут освободить лицо, совершившее административное правонарушение, от административной ответственности и ограничиться устным замечанием.

Аналогичное право, а не обязанность ограничиться предупреждением предусмотрено и в ст. 3.4 КоАП РФ.

В принципе, поскольку школы относятся к бюджетным организациям, назначенное наказание в виде штрафа в таком размере явно слишком суровое, и суд вправе был применить и положения ст. 2.9 КоАП РФ, и ст. 3.4 КоАП РФ.

Полагаю, что надо получать решение суда и обжаловать его.

Так, согласно ст. 30.9 КоАП РФ:

1. Постановление по делу об административном правонарушении, вынесенное должностным лицом, и (или) решение вышестоящего должностного лица по жалобе на это постановление могут быть обжалованы в суд по месту рассмотрения жалобы, а затем в вышестоящий суд.