Здравствуйте, могу ли я составить целевой договор на обучение в медицинское учреждение в другом городе не по прописке?

Здравствуйте!

постоянная  регистрация именно по месту нахождения медицинского учреждения Ваша не обязательна. Вы вполне можете проживать в другом городе. Если это один и тот же субъект, то, думаю, проблем не возникнет. 

 ст. 56 Федерального закона от 29.12.2012 N 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации»

Гражданин, поступающий на обучение по образовательной программе среднего профессионального или высшего образования либо обучающийся по соответствующей образовательной программе, вправе заключить договор о целевом обучении с федеральным государственным органом, органом государственной власти субъекта Российской Федерации, органом местного самоуправления, юридическим лицом или индивидуальным предпринимателем (далее — заказчик целевого обучения).