Как поступить в данной ситуации?

Добрый день. Так как судом апелляционной инстанции приято новое решение оно вступает в законную силу в момент приятия решения.

Ст.  209 ГПК РФ

В случае подачи апелляционной жалобы решение суда вступает в законную силу после рассмотрения судом этой жалобы, если обжалуемое решение суда не отменено. Если определением суда апелляционной инстанции отменено или изменено решение суда первой инстанции и принято новое решение, оно вступает в законную силу немедленно.

Исполнению подлежит решение с момента вступления его в законную силу.

ст.   210 ГПК РФ

Решение суда приводится в исполнение после вступления его в законную силу, за исключением случаев немедленного исполнения, в порядке, установленном федеральным законом.

Соответственно нотариус обязан его исполнить сразу после вступления в законную силу.

Здравствуйте, не видя судебный акт о котором идет речь, поясняю, что нотариус «не прав», ВС республики не отправлял на новое рассмотрение, а принял самостоятельный новый судебный акт, которым отменил решение суда первой инстанции и вступает в силу немедленно, дальнейшее его обжалование не приостанавливает исполнение решения суда. Скорее всего Вы путаете говоря о том, что нотариус сказал о необходимости дождаться самостоятельного судебного акта из суда первой инстанции, думаю имелось ввиду истечения срока обжалования Апелляционной инстанции. 

Согласно пункту 1 части 2 статьи 39 Закона об исполнительном производстве, при подаче апелляционной, кассационной или надзорной жалоб (представлений) правом приостанавливать исполнение судебного акта наделены только суды апелляционной, кассационной и надзорной инстанций.

В данном случае рекомендую написать жалобу на нотариуса в нотариальную палату

С жалобой на действия нотариуса, заинтересованное лицо должно подать обращение в нотариальную палату субъекта РФ.