Действительно ли мы должны платить налог за продажу данного жилья?

Квартира в собственности у всех троих была ОЧЕНЬ давно больше 20-25 лет.

Тихонов Максим Юрьевич

Максим, добрый вечер! Видимо проблема в том, что данных о первоначальной регистрации права не было в ЕГРН поскольку тогда не было и самого ЕГРН как такового ( до 1998 года), поэтому при переходе долей родственников к супруге ориентируясь на дату регистрации права налоговая направила требование. Вместе с тем поскольку квартира находилась в собственности больше минимального срока а изменение долей в праве не изменяет срок владения в целом на основании ст. 217 НК РФ полученный доход не подлежит налогообложению. Декларация по такому доходу также не подается ( п. 4 ст. 229 НК РФ).

Здравствуйте, Максим Юрьевич.

они отказались от своих долей в пользу жены за пару месяцев до продажи. 

продали, подарили, выдали доверенность на дальнейшую продажу и тд?

Квартира в собственности у всех троих была ОЧЕНЬ давно больше 20-25 лет. 

и поэтому при отчуждении (если было таковое)  жене долей братом и мамой налог не платился, с учетом изложенного вами выше.

А теперь 

Действительно ли мы должны платить налог за продажу данного жилья?

нет, при отчуждении женой всей квартиры. Поскольку жена своей долей владела более 20 лет, то присоединенные к ее доле доли брата и мамы так же считаются по длительности срока владения, как и ее доля. Согласно  ст. 217 НК РФ — Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения) - Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

17.1) доходы, получаемые физическими лицами за соответствующий налоговый период: от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе с учетом особенностей, установленных статьей 217.1 настоящего Кодекса;

Вы указали, что 

Сейчас за продажу старой квартиры требуют налог. 

вам пришло уведомление? если да, то Вам нужно предоставить в ИФНС пояснения, приложив все документы по сделкам, с указанием, что долей жена владела много лет.

Добрый день, Максим Юрьевич!

Минимальные предельные сроки владения объектом недвижимого имущества, необходимые для того, чтобы его продажа не облагалась НДФЛ установлены ст. 217.1 Налогового кодекса РФ, однако, в любом случае, если квартира находится в собственности более  пяти лет, налогообложение НДФЛ не возникает.

Необходимо отметить, что минимальные предельные сроки владения объектом недвижимого имущества исчисляется с даты государственной регистрации на него права собственности.

Вы указываете, что:

Квартира была в собственности у жены, её брата и мамы — они отказались от своих долей в пользу жены за пару месяцев до продажи

Минфин России неоднократно разъяснял, что для целей исчисления сроков владения объектом недвижимого имущества дата внесения в реестр недвижимости (в ЕГРП до 2017, в ЕГРН после 2017) записи об изменении размера доли в квартире не учитывается (см. письма от 22.01.2020 N 03-04-05/3388, от 15.11.2019 N 03-04-05/88189, от 19.07.2016 г. N 03-04-05/42232). То есть, налогообложение с учетом давности владения (более 5 лет) НДФЛ не должно возникать.

Необходимо пояснить налоговому органу и обосновать это документально, что право собственности на квартиру возникло более 5 лет назад.