Придумывает проценты и выводит деньги с организации как хочет, как быть?

Здравствуйте, Валентина!

Согласно Федеральному закону от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью»

Статья 40

3. Единоличный исполнительный орган общества:

1) без доверенности действует от имени общества, в том числе представляет его интересы и совершает сделки;

Из данных норм следует, что руководитель ООО имеет право распоряжаться денежными средствами находящимися на счете общества.

Могу Вам посоветовать, так это выйти из состава участников общества с получением действительной стоимости доли.

Кроме того, закон возлагает на руководителей юридических лиц обязанность по возмещению убытков

Так, согласно ст. 53.1 ГК РФ 

1. Лицо, которое в силу закона, иного правового акта или учредительного документа юридического лица уполномочено выступать от его имени (пункт 3 статьи 53), обязано возместить по требованию юридического лица, его учредителей (участников), выступающих в интересах юридического лица, убытки, причиненные по его вине юридическому лицу.
Лицо, которое в силу закона, иного правового акта или учредительного документа юридического лица уполномочено выступать от его имени, несет ответственность, если будет доказано, что при осуществлении своих прав и исполнении своих обязанностей оно действовало недобросовестно или неразумно, в том числе если его действия (бездействие) не соответствовали обычным условиям гражданского оборота или обычному предпринимательскому риску.

Соответственно, директор не может действовать, как хочет. Если его действия ведут к убыткам, участники могут попросить их возместить. 

Следовательно, у Вас, как у участника ООО есть право подать в суд на возмещение убытков ООО по вышеуказанным основаниям.

Здравствуйте, Валентина! 

Насколько я понял, Вы являясь одним из учредителей Общества, состоите с  ним в трудовых отношениях,  если ошибся уточните вопрос. 

не предоставляет отчеты по счету и не пропускает ко счету

Вы вправе требовать от директора,  предоставление отчетов по счету, если  такая норма включена в устав. При отсутствии такой нормы в уставе, Вы вправе требовать проведения аудиторской проверки текущих дел общества, включая и операции по  расчетным счетам.

По требованию любого участника общества аудиторская проверка может быть проведена выбранным им профессиональным аудитором, который должен соответствовать требованиям, установленным частью первой настоящей статьи. В случае проведения такой проверки оплата услуг аудитора осуществляется за счет участника общества, по требованию которого она проводится. Расходы участника общества на оплату услуг аудитора могут быть ему возмещены по решению общего собрания участников общества за счет средств общества.

ст.48 ФЗ-14

При непредоставлении  директором информации,  необходимой профессиональному аудитору,   Вы вправе  обратиться в суд для истребования необходимых документов. 

придумывает проценты и выводит деньги с организации как хочет, как быть?

Вы вправе обжаловать в суде, сделку совершенную директором, в ущерб  интересам юридического лица

2. Сделка, совершенная представителем или действующим от имени юридического лица без доверенности органом юридического лица в ущерб интересам представляемого или интересам юридического лица, может быть признана судом недействительной по иску представляемого или по иску юридического лица, а в случаях, предусмотренных законом, по иску, предъявленному в их интересах иным лицом или иным органом, если другая сторона сделки знала или должна была знать о явном ущербе для представляемого или для юридического лица либо имели место обстоятельства, которые свидетельствовали о сговоре либо об иных совместных действиях представителя или органа юридического лица и другой стороны сделки в ущерб интересам представляемого или интересам юридического лица.
ст.174 ГК РФ

Не платит отпускные уже второй месяц

 Вам обязаны были оплатить отпуск  не позднее,  чем за три дня до его начала. (ст.136 ТК РФ). 

За нарушение срока выплаты отпускных директор обязан выплатить денежную компенсацию, за каждый день задержки 

При нарушении работодателем установленного срока соответственно выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и (или) других выплат, причитающихся работнику, работодатель обязан выплатить их с уплатой процентов (денежной компенсации) в размере не ниже одной сто пятидесятой действующей в это время ключевой ставки Центрального банка Российской Федерации от не выплаченных в срок сумм за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно. При неполной выплате в установленный срок заработной платы и (или) других выплат, причитающихся работнику, размер процентов (денежной компенсации) исчисляется из фактически не выплаченных в срок сумм.
ст.236 ТК РФ