Согласно этому же ДДУ фонд требует доплат за увеличившуюся площадь квартиры по сравнению с указанной в договоре

Добрый день, Александр!

Между обанкротившимся застройщиком и фондом нет универсального правопреемства всех прав и обязанностей, более того, данный фонд не является полноценным субъектом частного права.

Возможно ли взыскать с ФПД неустойку за увеличившийся срок сдачи дома по сравнению с указанным в договоре долевого участия?

Нет, это прямо следует из Федерального закона от 29 июля 2017 г. N 218-ФЗ (ч.2, ст. 9.1.): 

2. Фонд при передаче ему обязательств перед участниками строительства в порядке, установленном статьями 201.15-1 и 201.15-2 Федерального закона от 26 октября 2002 года N 127-ФЗ «О несостоятельности (банкротстве)», не несет ответственность, в том числе предусмотренную частью 2 статьи 6 Федерального закона от 30 декабря 2004 года N 214-ФЗ «Об участии в долевом строительстве многоквартирных домов и иных объектов недвижимости и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации», за допущенные застройщиком, признанным банкротом, нарушения предусмотренного договором срока передачи участнику строительства жилого помещения, машино-места, нежилого помещения и обязан передать участнику строительства такие объекты недвижимости не позднее трех лет со дня вынесения арбитражным судом определения, предусмотренного пунктом 3 статьи 201.15-2 Федерального закона от 26 октября 2002 года N 127-ФЗ «О несостоятельности (банкротстве)».