Это обследование, якобы, не входит в договор по медкомиссии, имею ли я право тогда это обследование не проходить?

Весь медосмотр Вам обязан оплатить работодатель, также и само обследование. Если не пройти обследование, то медосмотр не пройдете соответственно.

— см. ст. 212-213 ТК РФ 

Добрый день!

Трудовой кодекс в абзаце 8 статьи 213 указывает, что медицинские осмотры и психиатрические освидетельствования осуществляются за счет работодателя.

Закон не конкретизирует, должен ли он оплачивать мед осмотр до его прохождения, или компенсировать в последующем при предоставлении документов об оплате.

Рекомендую Вам проконсультироваться у работодателя, как у них это принято. Заодно подстрахуете себя, так как не все работодатели добросовестные и не всегда соблюдают законы.