Здравствуйте, Евдокия.
Если решение об установлении ограничений в использовании земельных участков имеет под собой фактическое основание, участки действительно находятся в зоне затопления и эти зоны установлены в установленном законом порядке, то оспорить отказ в выдаче разрешения на строительство (уведомления о соответствии планируемого строительства требованиям законодательства) не получится.
Вы и иные собственники земельных участков вправе требовать выплату Вам компенсации с органа, установившего эти ограничения согласно статьи 57 ЗК.
Конституционный Суд также высказывался по этому поводу в Постановлении от 05.03.2020 N 11-П «По делу о проверке конституционности подпунктов 4 и 5 пункта 1 и пункта 5 статьи 57 Земельного кодекса Российской Федерации в связи с жалобой гражданки И.С. Бутримовой»
http://www.consultant.ru/docum...
Либо можете оспорить указанные ограничения в порядке, предусмотренном Кодексом административного судопроизводства, возможно они введены необоснованно или с нарушением установленного порядка.
С уважением! Г.А. Кураев
Можно обратиться с запросом в Минэкологии и попросить правовое обоснование и копию правового акта об установлении зоны подтопления и оспорить правовой акт в суде.