Как такое может быть и что делать?

В данной ситуации у Вас не могут изъять паспорт, независимо от того, что не подтвержден запрос о Вашем гражданстве.

По смыслу приказа МВД России от 16.11.2020 N 773 «Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации»

представлять документы при замене паспорта, подтверждающие наличие у Вас гражданства РФ Вы не обязаны.

Более того, по смыслу названного приказа проверка наличия у лица гражданства проводится лишь в строго определенных случаях:

— отсутствия сведений  ранее выданных паспортах, 

— получение паспорта в связи с приобретением гражданства;

— утраты или похищения паспорта.

В Вашем случае оснований для установления Вашей личности и наличия у Вас гражданства РФ не усматривается.

Также стоит отметить и данные в этой связи разъяснения приведенные в Кассационном определении Судебной коллегии по административным делам Верховного Суда Российской Федерации от 09.08.2019 N 4-КА19-4

Суду апелляционной инстанции надлежало также учесть, что уполномоченные органы государственной власти неоднократно в течение продолжительного периода времени (с 2000 по 2016 год) подтверждали принадлежность Налетова Е.А. к гражданству Российской Федерации посредством выдачи и замены паспортов гражданина Российской Федерации, выдачи паспорта гражданина Российской Федерации, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, постановки на воинский учет; на основании этих документов Налетов Е.А. осуществлял реализацию своих прав и обязанностей, что свидетельствует о его устойчивой правовой связи с Российской Федерацией, выражающейся в совокупности взаимных прав и обязанностей, что определяет гражданство Российской Федерации (статья 3 Федерального закона от 31 мая 2002 года N 62-ФЗ «О гражданстве Российской Федерации»).

Таким образом. факт выдачи и замены ранее паспортов гражданина РФ сам по себе свидетельствует о ранее проводимых проверок на наличие гражданства РФ и его подтверждение.

Поэтому Вы пока можете не реагировать на звонки с УМВД, а при изъятии у Вас паспорта, можно обратиться с иском в суд.