Подскажите, пожалуйста, могу ли я как-то защититься от истребования средств?

Добрый день! Для того, что бы ответить на Ваш вопрос необходимо изучить договоры как с Заказчиком, так и с Агентством. Однако, если Вы не выполнили условия по Договору, то Заказчик вправе предъявить требования. Так же как Вы вправе предъявить претензии Агентству.

Если, например, был заключен договор подряда, то:

ГК РФ Статья 723. Ответственность подрядчика за ненадлежащее качество работы

1. В случаях, когда работа выполнена подрядчиком с отступлениями от договора подряда, ухудшившими результат работы, или с иными недостатками, которые делают его не пригодным для предусмотренного в договоре использования либо при отсутствии в договоре соответствующего условия непригодности для обычного использования, заказчик вправе, если иное не установлено законом или договором, по своему выбору потребовать от подрядчика:

безвозмездного устранения недостатков в разумный срок;
соразмерного уменьшения установленной за работу цены;
возмещения своих расходов на устранение недостатков, когда право заказчика устранять их предусмотрено в договоре подряда (статья 397).

Еще раз повторюсь, необходимо изучать документы, что не позволяет сделать в рамках данного вопроса. Если необходима дополнительная консультация можете обратиться в чат, услуги в чате оказываются на платной основе, согласно тарифам сайта.

Согласен с коллегой в связи с ознакомлением с договором, т.к. в силу статьи 431 Гражданского кодекса Российской Федерации при толковании условий договора  принимается во внимание буквальное значение содержащихся в нем слов и выражений. Буквальное значение условия договора в случае его неясности устанавливается путем сопоставления с другими условиями и смыслом договора в целом (часть 1). 

Кроме того, необходимо изучить переписку сторон, (в т.ч. если не был заключен договор в письменной форме) для того, чтобы установить, что между сторонами фактически сложились отношения по возмездному оказанию услуг, согласно которым Исполнитель принял на себя обязательства по заданию Заказчика  оказать услуги (совершить действия) и осуществить деятельность, направленную на создание сайта в соответствии с требованиями утвержденного дизайна и других условий, а Заказчик — осуществить оплату оказанных (оказываемых) услуг.

В данном случае будет иметь значение — техническое задание на разработку сайта и/или программа работ (разработке индивидуального дизайна, верстке и разработке программной части в соответствии с техническим заданием к договору (скорее всего без информационного наполнения))

На основании статей 711, 746 ГК РФ, пункта 8 Информационного письма Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 24.01.2000 N 51 «Обзор практики разрешения споров по договору строительного подряда» (по аналогичным ситуациям) основанием для возникновения обязательства заказчика по оплате выполненных подрядных работ является сдача подрядчиком результата работ заказчику.
Согласно пункту 3 статьи 450 и пункту 2 статьи 453 ГК РФ в случае одностороннего отказа от исполнения договора полностью или частично, когда такой отказ допускается законом или соглашением сторон, договор считается соответственно расторгнутым или измененным, а обязательства сторон прекращаются.В соответствии с частью 1 статьи 1102 ГК РФ лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество за счет другого лица, обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение). Согласно статье 1107 ГК РФ лицо, которое неосновательно получило или сберегло имущество, обязано возвратить или возместить потерпевшему все доходы, которые оно извлекло или должно было извлечь из этого имущества.

ВЫ указываете, что сайт работает с ошибками, но работает. В этом случае заключение комиссии экспертов не нужно, чтобы Вам не нести дополнительные расходы. Подписанных актов выполненных работ, я так понимаю, нет. Следовательно, Вы должны вернуть деньги за некачественную работу.  

Тем не менее, принимая во внимание, что целью правоотношений заказчика и исполнителя по разработке дизайна сайта является создание и получение определенного материального результата, а полученные продукты сайта могут быть использованы в деятельности Заказчика, то можно придти к  выводу об исполнении Вами принятых на себя обязательств.

Но к такому выводу можно придти только лишь при полном ознакомлении со всеми документами, включая переписку. 

Добрый день!

Поддерживаю мнение колег. Вы можете прикрепить сканы документов? (идентификационные данные можно скрыть).

После изучения документов, можно будет говорить о перспективах дела.

Мы с Вами из одного города, смогу представлять Ваши интересы лично.

Положительная практика подобного рода дел у меня имеется, могу ее подтвердить.