Не будет ли штрафов в этом случае (неуплата авансовых платежей, не пробитие чеков)?

Антон, добрый вечер!

По полученным доходам до регистрации в качестве ИП и применения УСН, Вам следует отчитаться, подав декларацию по НДФЛ и уплатив с таких доходов НДФЛ. Это следует, в частности, из положений пп. 1 п. 1 ст. 223 НК РФ

В целях настоящей главы, если иное не предусмотрено пунктами 2 - 5 настоящей статьи, дата фактического получения дохода определяется как день:

1) выплаты дохода, в том числе перечисления дохода на счета налогоплательщика в банках либо по его поручению на счета третьих лиц — при получении доходов в денежной форме;

В качестве примера Постановление Арбитражного суда Волго-Вятского округа по делу № А82-1409/2016 https://kad.arbitr.ru/Document...

НДС по реализации жилых помещений (квартир) не начисляется (пп. 22 п. 3 ст. 149 НК РФ).

В случае осуществления в дальнейшем предпринимательской деятельности по продаже жилых помещений Вы регистрируетесь в качестве ИП и можете применять УСН. Если расходы будут составлять более 60% доходов, то стоит применять УСН доходы минус расходы.

Здравствуйте, Антон.

За этот год было продано 3 квартиры (одна из них была в собственности более 2 лет, другие две около 3 месяцев) и еще одна квартира сейчас в ремонте (продавать планирую после нового года).

Это действительно признаки предпринимательской деятельности, так как квартиры приобретались не с целью проживания в них, а для перепродажи.

Ст.2 Гражданского кодекса РФ:

предпринимательской является самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг. 

Недавно узнал, что для данной деятельности необходимо регистрировать ИП на УСН (доходы — расходы). 

Да, регистрироваться как ИП необходимо:

Лица, осуществляющие предпринимательскую деятельность, должны быть зарегистрированы в этом качестве в установленном законом порядке, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом
(ст.2 ГК РФ)

Обязательности переходить на УСН нет, это исключительно выбор самого ИП.

1)Как мне лучше поступить, чтобы не попасть на налоги и штрафы?

Если Вы как физлицо, фактически осуществляющее предпринимательскую деятельность,  уплатите НДФЛ с продажи, то нет оснований доначислять НДФЛ и штрафы, а НДС при продаже жилых помещений не уплачивается (подп. 22 п. 3 ст. 149 НК РФ).

Сначала открыть ИП, затем подать декларацию (за 2021г) за проданные квартиры как физ лицо (13%), а новые продажи уже декларировать по ставке ИП?

Открывать ИП необходимо, так как предпринимательская деятельность без регистрации карается по статье 171 Уголовного кодекса РФ 

1. Осуществление предпринимательской деятельности без регистрации… если это деяние причинило крупный ущерб гражданам, организациям или государству либо сопряжено с извлечением дохода в крупном размере

Крупный размер — более 2 250 тыс. руб.

При  этом под доходом в статье 171 УК РФ следует понимать выручку от реализации товаров (работ, услуг) за период осуществления незаконной предпринимательской деятельности без вычета произведенных лицом расходов, связанных с осуществлением незаконной предпринимательской деятельности (п.12 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 18.11.2004 N 23 «О судебной практике по делам о незаконном предпринимательстве»).

Поэтому если стоимость проданных квартир превышает 2,25 млн., то формально имеются признаки ст.171 УК РФ.

Поэтому нужно, в случае худшего варианта развития ситуации, иметь доказательства, что квартиры приобретались с целью проживания в них, а не для перепродажи.

Или открыть ИП и задекларировать все прошлые сделки по ставке 15%. Не будет ли штрафов в этом случае (неуплата авансовых платежей, не пробитие чеков)?

Доход в любом случае подлежит декларированию в соответствии с тем статусом, что  был на момент их совершения. Не обязательно, что налоговая начнет копать в плане привлечения Вас за незаконное предпринимательство, если НДФЛ будет уплачен в полном объеме, как если бы он был уплачен лицом в статусе ИП.

2)Если использовать второй вариант, то ИП по идее нужно успеть открыть до нового года (до 1 декабря, т.к. при открытии ип после 1 декабря декларация сдается в 2023г), чтобы подать декларацию за 2021г от ИП?

Вы же хотите  обложить доход от продажи квартир по УСН (доходы — расходы), но так как квартиры покупались тогда, когда Вы еще не были ИП, то стоимость квартир в расходах при УСН  учесть нельзя (письмо Минфина России от 28.02.2013 N 03-11-11/88). Поэтому УСН доходы-минус расходы не уменьшит налог.

С уважением, Роман.