Как мне вернуть денежные средства за остальные процедуры если у меня нет кассового чека

Здравствуйте, Евгений! 
Так как Вы получали услуги, то к Вашим правоотношениям с мед. учреждением применяются положения Закона РФ «О защите прав потребителей».

Согласно ст. 32 указанного Закона 

Потребитель вправе отказаться от исполнения договора о выполнении работ (оказании услуг) в любое время при условии оплаты исполнителю фактически понесенных им расходов, связанных с исполнением обязательств по данному договору.

Соответственно, Вы имеете право отказаться от договора оказания услуг в одностороннем порядке и потребовать возврата уплаченных денежных средств за вычетом стоимости той услуги, которая уже была Вам оказана. 

Само по себе отсутствие чека не является основанием для отказа в возврате Вам уплаченной суммы.