Здравствуйте, Артур.
Площадь квартиры, которая находится у Вас в собственности и обременена ипотекой будет учитываться (Т.е. не сам факт ее наличия, а квадратура), так как этого требует п. 7 Правил предоставления молодым семьям социальных выплат на приобретение (строительство) жилья и их использования, Особенностей реализации отдельных мероприятий государственной программы Российской Федерации «Обеспечение доступным и комфортным жильем и коммунальными услугами граждан Российской Федерации», утвержденных Постановлением Правительства РФ от 17 декабря 2010 г. N 1050.
Чтобы говорить о возможности получения субсидии — нужно обратиться в местный орган самоуправления для расчета учетной нормы. Если она будет меньше установленной субъектов РФ, то субсидию Вам дадут.