На какие статьи закона я могу сослаться, чтобы проводилось расследование?

Я собираюсь приехать в офис и настаивать на том, что работодатель обязан провести расследование 

Достаточно письменно обосновать работодателю, что его требования незаконны, проведение расследования-это головная боль работодателя и очевидно он ничего из этого делать не хочет, вам сейчас главное отстоять ваши права на полную заработную плату без всяких удержаний.

ТК РФ Статья 142. Ответственность работодателя за нарушение сроков выплаты заработной платы и иных сумм, причитающихся работнику

Работодатель и (или) уполномоченные им в установленном порядке представители работодателя, допустившие задержку выплаты работникам заработной платы и другие нарушения оплаты труда, несут ответственность в соответствии с настоящим Кодексом и иными федеральными законами.

эта недостача на протяжении нескольких месяцев с лета фиксируется с того месяца, когда уволился предыдущий директор магазина

При этом саму проверку работодатель также обязан был провести

ТК РФ Статья 247. Обязанность работодателя устанавливать размер причиненного ему ущерба и причину его возникновения

До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.

Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт.

Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном настоящим Кодексом.