Может ли, по вашему мнению, в определении об оставлении заявления без движения арбитражный суд указать срок для исправления недостатков заявления "в течение трех недель"?

Протокол об административном правонарушении сам по себе не обжалуется, закон такого не предусматривает. Но Вы вправе обжаловать постановление о наложении административного взыскания. Согласно ст.30.2 КОАП РФ жалоба на постановление по делу об административном правонарушении подается судье, в орган, должностному лицу, которыми вынесено постановление по делу и которые обязаны в течение трех суток со дня поступления жалобы направить ее со всеми материалами дела в соответствующий суд, вышестоящий орган, вышестоящему должностному лицу.