Если да то какие санкици я могу применить к подрядчику?

Здравствуйте! Вы с подрядчиком связаны договорными обязательствами, поэтому можете предъявить к нему санкции только за нарушение им условий договора. Сам по себе факт того, что он закупает материалы у лица, отсутствующего в едином государственном реестре индивидуальных предпринимателей, для Вас в рамках договорных обязательств не имеет никакого значения. Однако при определенных обстоятельствах санкции к Вашему подрядчику будут возможны со  стороны налогового органа при проведении налоговой проверки. Они могут заключаться в применении налоговых санкций в связи с доначислением налоговых платежей. А налоговые платежи могут быть доначислены по причине исключения расходов, понесенных подрядчиком в рамках взаимоотношений с таким псевдо-предпринимателем, и отказа применения налоговых вычетов по НДС.

Что касается отсутствия такого ИНН в ресурсе на сайте ФНС России — это означает, что такого индивидуального предпринимателя не регистрировалось.