И при этом она ещё на больничном, будут ли выплачиваться больничные?

Пособие не назначается за период отстранения от работы в соответствии с законодательством РФ, если за этот период не начисляется зарплата (п. 2 ч. 1 ст. 9 Закона № 255-ФЗ, пп. «б» п. 17 Положения об исчислении пособий по временной нетрудоспособности и в связи с материнством). Обстоятельства, в силу которых сотрудник должен быть отстранён от работы или не допущен к ней, перечислены в ч. 1 ст. 76 ТК РФ. При их наступлении простой возникает по вине работника и продолжается до устранения этих обстоятельств. Зарплата за период отстранения от работы не начисляется, за исключением случаев, установленных законодательством (ч. 2, 3 ст. 76 ТК РФ). 

Больничный не оплатят.