Взяла деньги из кассы в счёт заработной платы, предупредив руководство, гразят заявлением о краже в полицию, что делать?

Пусть грозят. Это надо ещё доказать. 

Просто верните эти деньги обратно. Но уже по расписке или через онлайн-банк на счет организации. 

Могут конечно возбудить уголовное дело по факту присвоения или растраты (160 УК РФ), но срока реального не дадут, так как вы возместите ущерб, тем более если ранее не привлекались к уголовной ответственности. Могут вообще прекратить уголовное дело и назначить уголовный штраф в размере от 10 тыс.рублей и более. Но в справке об отсутствии судимости будет информация о прекращенном уголовном деле.